از اواخر قرن سوم (سال 299 ق) و با قتل اميراحمد ساماني به مدت حدود يكصد سال حكومت اين منطقه بدست سيمجوريان افتاد. كه البته سامانيان خطه قهستان و از جمله گناباد را به صورت اقطاع موروثي به ابوعمران سيمجور و فرزندانش داده بودند (تاريخ سيستان، ص 302)
در سال 389 ق. در جنگ ميان محمود غزنوي و سامانيان «ابوالقاسم سيمجور» در كنار سپاه ساماني بود و با پيروزي محمود غزنوي، ابوالقاسم سيمجور به اتفاق آخرين امير ساماني «ابوابراهيم المستنقر» به قهستان گريخت و در جويمند گناباد مقيم شد ليكن بعد از مدتي كه والي محمود غزنوي در توس به قهستان و گناباد حمله كرد سيمجور به طبس گريخت و گناباد به متصرفات غزنويان افزوده شد. وسعت محوطه هاي باستاني و تنوع و كيفيت اشياء و بقاياي فرهنگي حاكي از آن است كه منطقه گناباد در دوران غزنويان از جايگاه و اهميت زيادي برخوردار بوده است.
در سال 428 ق تركمانهاي سلجوقي به قهستان رخنه كردند كه پس از عبور از گناباد تا تون پيش رفتند و به اين ترتيب گناباد جزو متصرفات سلجوقيان شد. (بيهقي، ابوالفضل، چاپ1356 ص 679)
يك كتيبه آجري باقيمانده در شبستان مسجد جامع گناباد كه متعلق به دوران سلجوقيان است حاكي است كه در آن دوران يكي از مساجد مهم و باعظمت خراسان در گناباد بوده است.
بر اساس يافته هاي باستانشناسي در دوره هاي غزنوي و سلجوقي نقاط متعددي در منطقه گناباد مسكون بوده اند اما چهار محل مهمي كه در قرون اوليه اسلامي حائز اهميت بوده اند و اعتبار خاص داشته اند. «جنابد» در محل كوي شرقي فعلي، «بون كوژد» يا «بون» در سمت شمال روستاي قوژد فعلي، «پشن» در مجاورت روستاي نوده پشن فعلي و حوض سرخ در شمال گناباد مي باشند.
آثار و بقاياي متعدد بجا مانده از آن دوران و از جمله بناي با عظمت مسجد جامع گناباد نشان مي دهد كه اين منطقه از چه اهميتي برخوردار بوده كه ساخت چنين بناهايي را ايجاب مي كرده است. (لباف خانيكي، 1383 ص 36)
در قرن پنجم هجري گناباد به لحاظ فرهنگي و علمي نيز وضعيت بسيار درخشاني داشته است. تنها در كتاب «المنتخب من السياق» اثر «عبدالغافر بن اسماعيل الفارسي» (529 ـ 451 هـ. ق 632-68) نام ده نفر فاضل و محدث و فقيه و پرهيزگار آمده است كه نسبت «جنابدي»داشته اند.
علاوه بر آن متون معتبر ديگري نيز به انديشمندان و فرزانگان گناباد اشاره كرده اند كه طي قرون چهار تا شش هجري مشعل فقه و علم و ادب و سياست را در اين سامان برافروخته داشته اند (لباف خانيكي،رجبعلي، 1383ص 37)
ابويعقوب اسحق بن عبدالله جنابدي متوفاي قرن 6 ق ابوبكر عبدالغفار متوفاي 510 ق ، ابومنصور ريابي متوفاي 429 ق از جمله مشاهير گناباد در اين دوره بوده اند.
يادآوري اين نكته لازم است كه در اين دوره گناباد جزو ولايت بزرگ نيشابور بوده و بسياري از مشاهير اين مرز و بوم به عنوان نيشابوري و نيسابوري معرفي شده اند.
در اواخر قرن پنجم و با شكل گيري فرقه اسماعيليه به رهبري حسن صباح و فرستادن يكي از ياران او به قهستان، با توجه به اينكه مردم اين مرز و بوم از جور سلجوقيان به تنگ آمده بودند زمينه حضور گسترده اسماعيليه در نقاطي از قهستان از جمله خور، خوسف،زوزن،قاين،تون، گناباد و نواحي مجاور آن فراهم شد. آنها پايگاههايي را در منطقه ايجاد كردند و تا بيش از يكصد سال با اقتدار در اين مناطق حضور داشتند. بررسيهاي تاريخي نشان مي دهد كه در حدود سال 494 قمري اسماعيليه بر كل قهستان تسلط داشته اند. (لسترنج، گاي، 1364ص 380)
در يورش ويرانگر مغولها كه در سالهاي 617 و 618 قمري اتفاق افتاد متون تاريخي از تجاوز مغولها به سرحدات جنوبي خراسان و از جمله گناباد خبري نمي دهند و آنها ظاهراً مجال هجوم به گناباد و مناطق جنوبي خراسان را نداشته اند و در سه سالي كه خراسان در فتنه مغول مي سوخته است مردم ناحيه گناباد و اطراف آن به آسيب ديدگان از حمله مغول كمك و مساعدت مي كردند (سراج، منهاج،طبقات ناصري، 1363ص 183-182)
در سال 654 هـ. ق هلاكوخان مغول تعدادي از قلاع اسماعيليه در منطقه را تسخير كرد و بر حاكميت يكصد و هفتادساله آنها در اين منطقه پايان داد اما برخي از قلعه ها و دژهاي كوهستاني همچنان در اختيار اسماعيليه بود و به مقاومت ادامه مي دادند (حافظ ابرو، 1370 ص 28)
تا كنون در محدوده شهرستان گناباد تعدادي از قلعه هاي اسماعيليه بجا مانده است كه قلعه شهاب،قلعه فرود و قلعه دختر شوراب را مي توان مشاهده كرد.
توضيحات تفصيلي اين قلعه ها را مرحوم دكتر عباس زماني در كتاب ارزشمند «گناباد: پير تاريخ» آورده است.
برگرفته از کتاب گناباد از فرود تا فردا – تالیف دکتر محمدحسن هجرتی